Módulo de carga de modelos CAD para simulaciones de microfluidos en el Proyecto: Estudio Computacional de Virus en Microfluidos (ECVM)

Abstract

En nuestro país la biotecnología es una de las áreas donde tiene gran importancia la realización de simulaciones moleculares, debido a que se logra un mayor ahorro en el tiempo de investigación, recursos materiales y de producción de resultados efectivos trabajando en aras de mejorar cada día más la salud cubana. Gracias a la revolución tecnológica una de las herramientas más utilizadas para la obtención de resultados de las simulaciones moleculares es el simulador Large-scaleAtomic Molecular MassivelyParallel Simulator (LAMMPS). Actualmente la interacción con el simulador LAMMPS es tediosa debido a que no posee una interfaz gráfica de usuario, se trabaja con extensos códigos mediante una consola y la elaboración del archivo de entrada está expuesta a la ocurrencia de errores físicos y numéricos por lo que se retrasa el tiempo para la obtención de resultados necesarios en las investigaciones científicas. La presente investigación expone el desarrollo de un módulo de carga de modelos CAD para simulaciones de microfluidos que tiene como objetivo fundamental: permitir la carga de diseños CAD de dispositivos de microfluidos en el software de simulación LAMMPS. Para su desarrollo se realizó un estudio de los sistemas existentes con fines similares y se determinaron tecnologías para su implementación. Se utilizó como metodología tradicional de desarrollo AUP - UCI, lenguaje de programación Python y fue montado en multiplataforma. El patrón arquitectónico implementado fue Tres Capas y se trabajó con el Visual Paradigm como herramienta CASE.

In our country, biotechnology is one of the areas where the realization of molecular simulations is very important, due to the fact that greater savings are achieved in research time, material resources and the production of effective results, working in order to improve every day. Cuban health. Thanks to the technological revolution, one of the most widely used tolls to obtain results from molecular simulations is the Large- scale Atomic Molecular Massively Parallel Simulator (LAMMPS). Currently, the interaction with the LAMMPS simulator is tedious because is does not have a graphical user interface, it works with extensive codes through a console and the preparation of the input file is exposed to the occurrence of physical and numerical errors, which is why it is delayed. The time to obtain the necessary results in scientific research. This research exposes the development of a CAD model loading module for microfluidic simulations whose main objective is: to allow the loading of CAD designs of microfluidic devices in the LAMMPS simulation software. For its development, a study of existing systems with similar purposes was carried out and technologies for its implementation were determined. The traditional AUP- UCI development methodology was used, the Python programming language and was mounted on a multiplatform. The implemented architectural pattern was Three Layers and the Visual Paradigm was used as a CASE tool.