Autodock Vina, Servicio de Acoplamiento Molecular para la Plataforma de Servicios Bioinformáticos de la UCI.

Abstract

El método de Acoplamiento Molecular o Docking, es un método de simulación por computadora muy utilizado para el desarrollo de fármacos con resultados exitosos el cual consiste en calcular computacionalmente cuál es la posición más favorable que tendría una molécula (ligando) en el blanco molecular (Proteína). Para aplicar este proceso es necesario cribar bases de datos de cientos de ligandos en interacción con una misma proteína, haciendo que esta tarea requiera de un gran despliegue de recursos puesto que es necesario obtener, procesar y almacenar cantidades colosales de datos. En la UCI contamos con la Plataforma de Servicios Bioinformáticos donde existe un módulo dedicado al acoplamiento molecular que brinda este servicio a través del programa Dock 6.5, utilizando la plataforma T-arenal como alternativa para el cálculo distribuido. El presente trabajo tiene la tarea de integrar el programa Autodock Vina a la Plataforma de Servicios Bioinformáticos de la UCI por sus óptimas condiciones en tiempo de ejecución y resultados obtenidos, utilizando T-arenal para las ejecuciones distribuidas del programa y con el objetivo de incrementar las prestaciones del Módulo de Acoplamiento Molecular. Al concluir contaremos con un módulo de servicios de acoplamiento molecular con mayores prestaciones, ya que brindará a los usuarios especializados la posibilidad de realizar ensayos masivos de Docking a partir de dos herramientas disponibles, lográndose una disminución significativa del tiempo de respuesta.